Фамилия Кикимов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не место, а имя мифологического существа. Кикимора в славянских поверьях — дух дома, болота или леса, чаще женского пола, но в некоторых регионах так называли и нечистую силу вообще. Прозвище Киким мог получить человек со странным, нелюдимым нравом, неопрятный внешне или ведущий себя, по мнению окружающих, необычно. В северных говорах «кикиморой» дразнили капризного, плаксивого ребёнка или сутулую, некрасивую женщину, но прозвище Киким могло закрепиться и за мужчиной с похожими чертами.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Кикимов — буквально «сын Кикима». Фамилия образована от прозвища, а не от канонического имени, поэтому её носители — потомки человека, которого в деревне выделили за необычное поведение или внешность. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, здесь сработала модель на согласный: Киким + ов.

С точки зрения географии, фамилия редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда». Встречается разрозненно, преимущественно в центральных и северных областях России, где были сильны верования в домовых и кикимор. В документах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировались в крестьянской и посадской среде — знатных родов с такой фамилией не было. В XIX веке носители Кикимовых — это государственные крестьяне, реже мещане.

Спорных версий здесь немного: некоторые исследователи допускают, что Киким могло быть производной формой от крестильного имени Иоаким (через народное Аким → Киким), но это маловероятно. Слово «кикимора» имеет собственное древнее происхождение (возможно, от финно-угорских корней), и прозвищная природа фамилии надёжнее доказывается тем, что в говорах фиксируется именно форма Киким как самостоятельное прозвище, а не сокращение от Акима. Так что основная версия — прозвище по сходству с мифологическим персонажем — остаётся самой правдоподобной.