Фамилия Кекишев — редкий пример, когда основа слова почти наверняка восходит к звукоподражанию. В русских говорах «кекать» означало издавать отрывистый звук, похожий на икоту или кудахтанье, а также «заикаться», «говорить с запинкой». Человек, которого в быту прозвали Кека или Кекиш, мог иметь характерную манеру речи или, по другой версии, привычку покрикивать, «кекать» на домашнюю птицу или лошадей. Прозвища, образованные от глаголов звучания, — древний пласт русской антропонимии, и Кекишев стоит в одном ряду с фамилиями Икаев, Крячков, Шипелов.

Суффикс -ев указывает на патронимическое происхождение: Кекишев — буквально «сын Кекиша». Форма Кекиш (с суффиксом -иш) характерна для северных и северо-восточных говоров, где этот суффикс придавал прозвищу оттенок фамильярности или уменьшительности. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Кека, но фамилия Кекишев фиксируется в основном в Вятской и Пермской губерниях — регионах, где вятский говор сохранял архаичную лексику. Это косвенно подтверждает, что предки носителей фамилии были, скорее всего, государственными или монастырскими крестьянами, а не дворянами: фамилия не попала в родословные книги.

Спорных версий немного. Иногда Кекишева пытаются сблизить с тюркским корнем «кек» (месть, злоба) или с диалектным «кекать» в значении «бить», «стучать». Но обе гипотезы слабые: первая — потому что в тюркских языках нет продуктивной модели на -иш с русским патронимическим суффиксом, вторая — из-за того, что значение «бить» для глагола «кекать» не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров. Самое логичное объяснение — звукоподражательное прозвище, данное по особенности речи или поведения.