Фамилия Кекишева — вариант женского рода от фамилии Кекишев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Кекиш. В русской ономастике фамилии на -ев, как правило, указывают на происхождение от отчества или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный, шипящий или -й. Здесь основа Кекиш дала типичный суффикс принадлежности: «чей сын?» — Кекишев.

Самая вероятная версия связывает основу с диалектным словом «кекать» — издавать отрывистые звуки, куковать, а в некоторых говорах — икать или заикаться. В. И. Даль в своём словаре фиксирует «кекать» как подражание крику кукушки. Прозвище Кекиш могли дать человеку с характерной манерой речи, например, тому, кто говорил отрывисто, с запинкой, или же — по народной традиции — тому, кто напоминал повадками кукушку (нелюдимый, одинокий). Менее распространённая, но допустимая версия — от тюркского имени или прозвища, где «кек» означает «месть», «злопамятность», но для фамилии Кекишев это менее убедительно, так как русская словообразовательная модель (суффикс -ев) указывает на славянскую адаптацию.

Фамилия редкая. Географически она встречается в Поволжье и некоторых областях Центральной России, что типично для прозвищных фамилий, не попавших в массовые списки дворянства или купечества. Сословно предки Кекишевых, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилия не содержит княжеских или боярских формантов (-ский, -цкий) и не связана с известными историческими родами. В современных справочниках фамилия Кекишев фиксируется как редкая, с концентрацией в Нижегородской области и Татарстане.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кекишев стоит в одном ряду с Кекиным (от «кека» — заика), Кекушевым (от «кекуш» — вариант кукушки) и даже с фамилией Кукушкин, только с иной диалектной основой. Таким образом, Кекишева — это фамилия-прозвище, которая в буквальном смысле «звучит»: она напоминает о голосе, манере говорить или народном сравнении с птицей.