Фамилия Какышева — женская форма фамилии Какышев. Её основа, скорее всего, тюркская, и чтобы понять её происхождение, нужно отбросить русский патронимический суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — Какышев). Остаётся корень «Какыш» (или «Кокыш»).

Самая вероятная версия: Какыш — это диалектный вариант тюркского имени или прозвища Кокыш. В тюркских языках «кёк» (или «кок») означает «синий», «голубой», «небесный», а также «зелёный». Суффикс -ыш часто образует имена с оттенком ласкательности или уменьшительности. Таким образом, Кокыш/Какыш можно перевести как «синеватый», «голубоглазый» или «зеленоватый» (например, по цвету глаз или одежды). В некоторых тюркских диалектах «кокыш» могло быть прозвищем человека с бледной, синеватой кожей или того, кто носил одежду определённого цвета.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная: фамилия могла возникнуть от топонима — названия селения Какыш (или Кокыш). Такие названия встречаются в тюркоязычных регионах (например, в Казахстане или Башкортостане). В этом случае предок Какышевых был выходцем из такого места, и его называли «Какышский», что со временем сократилось до Какышев.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий, что типично для тюркских родов, которые в XIX–XX веках вошли в состав Российской империи и получили фамилии по отцу через русскую канцелярию. Фамилия Какышева не относится к числу древних дворянских — это поздняя, крестьянская или казачья фамилия, распространённая в среде поволжских татар, башкир или казахов, перешедших на оседлость. Встречается она преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане, что подтверждает её региональную привязку к южноуральским степям.