Фамилия Кинтюхина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в речи раньше мужской, или, точнее, обе формы бытуют параллельно, но исходная точка отсчёта — прозвище Кинтюха. В основе лежит диалектное слово, которое почти не встречается в литературном языке, что делает фамилию локально привязанной и сложной для однозначного толкования.

Скорее всего, корень «кинт-» восходит к глаголу «кинтить» или «кынтырить» — в северных и сибирских говорах это означало «воровать, тайком уносить, промышлять мелким хищничеством». Прозвище Кинтюха могли дать человеку нечестному, склонному к кражам, или, наоборот, в ироничном смысле — тому, кто умел «достать» что-то редкое, раздобыть хитростью. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с тюркским «кинт» (редко — «мешок, котомка»), но для русской ономастики такая основа нетипична, и первое объяснение правдоподобнее.

Суффикс «-юх-» в прозвище Кинтюха — характерный для русских просторечных образований со значением лица по действию или свойству (сравните: «ворюга», «питух», «гуляка»). Это не уменьшительно-ласкательная форма, а скорее экспрессивная, часто с оттенком пренебрежения или фамильярности. Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -а → фамилия на -ин/-ын (Кинтюхин → женская форма Кинтюхина).

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу, где диалектная лексика сохранила такие корни. В центральных областях России носителей почти нет. По сословной принадлежности предки, вероятно, были государственными или помещичьими крестьянами — в дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована. Встречается также вариант написания с одной «н» — Кинтюхин, но форма Кинтюхина (с окончанием женского рода) нередко используется как исходная в документах, если фамилия передавалась по материнской линии или в метриках записана в женском роде.

Спорных версий, кроме тюркской, практически нет: фамилия слишком редкая, чтобы обрастать легендами. Самое надёжное объяснение — прозвище от диалектного «кинтить» (воровать), данное либо по реальному поведению, либо в насмешку. Это не делает фамилию «криминальной» — в крестьянской среде такие прозвища часто давали за единичный проступок или как шутку.