Фамилия Кинтюхин — один из тех редких случаев, когда исходное прозвище почти не оставило следов в письменных источниках, но само слово хорошо восстанавливается по законам русской ономастики. Основа здесь — Кинтюха, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кинтюхин, то есть сын или потомок Кинтюхи. Форма Кинтюха — это характерный для северных и центральных русских говоров вариант имени или прозвища, образованный с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -юх(а). Такие модели (Петюха, Васюха, Митрюха) часто давали прозвища, которые затем становились фамилиями.

Корень слова — Кинт-. Скорее всего, это усечённая форма от канонического имени Кинтиан (от латинского Quintianus — «пятый»). В святцах это имя встречается, хоть и нечасто. В просторечии Кинтиан легко превращался в Кинтю — по той же модели, что Антип — в Антю, или Тит — в Титюху. Тогда Кинтюха — это «маленький Кинтиан» или просто обиходное обращение к носителю этого имени. Прямых параллелей с диалектными словами (например, «кинтить» в значении «шататься» или «кинуть») нет, поэтому версия с крестильным именем выглядит убедительнее.

География фамилии узкая. Кинтюхины встречаются преимущественно в Поволжье, особенно в Чувашии и Татарстане, а также в соседних областях — Нижегородской, Ульяновской, Самарской. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в среде крещёных татар или чувашей, где русские имена нередко адаптировались по местным фонетическим законам. Впрочем, она могла возникнуть и в русской крестьянской среде — просто на ограниченной территории, где имя Кинтиан было в ходу.

Словообразовательная модель с суффиксом -юх(а) — не самая частая для фамилий, но надёжная. Она роднит Кинтюхина с фамилиями Петюхин, Васюхин, Титюхин. Все они восходят к неофициальным формам крестильных имён и не несут дополнительной прозвищной нагрузки вроде «хитрец» или «заика». Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени отца — Кинтюхи.

Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом переселении Кинтюхиных нет. Фамилия осталась в тени более распространённых, но от этого не потеряла своей прозрачности: она честно рассказывает о том, что где-то в XVI–XVII веках жил человек по имени Кинтюха (Кинтиан), и его дети, а затем внуки стали писаться Кинтюхиными.