Фамилия Киндюхин образована от прозвища Киндюха, которое, вероятно, восходит к украинскому нарицательному «киндяк», что в переводе на русский язык означает «полосатая ткань и одежда». Скорее всего, прозвище Киндюха относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Можно предположить, что предок обладателя фамилии Киндюхин занимался изготовлением, продажей ткани или же был портным. Менее вероятно, что прозвище Киндюха образовано от марийского слова «кинде» - «хлеб». В таком случае основатель рода Киндюхиных мог быть пекарем. Также не исключено, что в основе фамилии лежит украинское слово «киндя» - «валенок» или татарское «кәнди» - «миска». Следовательно, Киндюхой могли называть человека, занимавшегося изготовлением валенок или деревянной посуды. Так и прозвище Киндюха закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Киндюхин.