Фамилия Киндюхина — женская форма фамилии Киндюхин, и её происхождение уходит корнями в прозвище или нецерковное имя Киндюха. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Киндюхин буквально означает «сын (или потомок) Киндюхи». Само же имя Киндюха — это краткая, обиходная форма от канонического имени Киндей. Имя Киндей — вариант греческого имени Евтихий (Εὐτύχιος), что значит «счастливый», «удачливый», но в народной речи оно трансформировалось через уменьшительные формы: Киндей → Киндя → Киндюха. Такое преобразование типично для русской антропонимии: длинные имена «ужимались» до двух-трёх слогов, а затем к ним добавлялся суффикс -ин для образования фамилии.

Есть и вторая, более редкая версия, которая связывает Киндюху не с именем, а с прозвищем от диалектного слова «киндюк». В южнорусских и украинских говорах «киндюк» или «киндюх» означал «брюхо», «живот» (сравните с украинским «киндюх» — желудок). Прозвище Киндюха могли дать человеку с заметным телосложением, любящему поесть или просто обладателю крупной фигуры. Однако первая версия — от имени Киндей — кажется более правдоподобной, потому что в русских фамилиях на -ин преобладают основы от личных имён, а прозвищные корни встречаются реже.

Географически фамилия Киндюхина встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье, что подтверждается данными переписей. Например, в архивах XIX века упоминаются крестьяне Киндюхины из Тамбовской и Рязанской губерний — это типичная среда бытования фамилий, образованных от полных или сокращённых имён. Сословно носители фамилии чаще всего относились к крестьянству или мещанству, что объясняет отсутствие дворянских ветвей.

Что касается ударения, в фамилии Киндюхина оно падает на второй слог: Киндю́хина, хотя в разговорной речи иногда смещается на первый (Ки́ндюхина). В целом, фамилия редкая, не входит в топ-5000 русских фамилий, но её носители могут гордиться связью с древним именем, означающим счастье и удачу.