Фамилия Киндюхины — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается сложный и неочевидный корень. На первый взгляд, перед нами типичная отчество на -ин: суффикс указывает на принадлежность («чей?»), то есть Киндюхин — сын Киндюхи. Но что такое «Киндюха»? Тут начинается самое интересное.

Самая обоснованная версия ведет к украинскому слову «киндяк» — так называли полосатую ткань, а затем и одежду из неё. Прозвище Киндюха могли дать либо торговцу сукном, либо портному, либо человеку, который постоянно носил такую одежду и стал с ней ассоциироваться. Это «профессиональное» прозвище, одно из самых распространённых в среде ремесленников. Суффикс -юх- (как в словах «тетюха», «бабюха») придаёт просторечный, бытовой оттенок: так могли называть в семье или в узком кругу.

Менее убедительно выглядит версия от марийского «кинде» (хлеб) — слишком далекая языковая среда для фамилии, которая явно бытовала в украинских и южнорусских говорах. Ещё реже встречается объяснение от украинского «киндя» (валенок) или татарского «кәнди» (миска). Если эти корни и могли дать прозвище, то для этого нужны прямые документальные подтверждения из конкретной местности, которых пока нет.

Форма Киндюхин (с ударением, скорее всего, на втором слоге: Киндю́хин) — это именно русский вариант фамилии. В украинской среде она звучала бы как Киндюх или Киндюк. Переход в -ин произошёл при переселении носителей в великорусские земли, где патронимический суффикс -ин был нормой для основ на -а и -я.

Так что, скорее всего, предки Киндюхиных имели отношение к текстильному делу: ткали, красили, продавали полотно или шили из него. Фамилия эта редкая, и найти её корни можно только при погружении в подворные переписи южных губерний Российской империи.