Фамилия Кинзеева — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ, эта фамилия с большой вероятностью происходит от топонима — названия реки Кинзе (Кинза) или населённого пункта Кинзеево.

Основа «Кинз-» имеет тюркское происхождение, скорее всего, башкирское или татарское. В башкирском языке «кинйә» (киня) означает «младший», «последний ребёнок». Это могло быть личное имя — Кинзя, Кинзебай, от которого образована фамилия. Однако суффикс -еев, а не -ин, указывает на модель образования от имени или прозвища на -ей: Кинзей → Кинзеев. Именно так формировались фамилии многих народов Поволжья и Урала.

Главная особенность — фамилия территориально привязана к Башкортостану и соседним областям. В этих местах есть река Кинзе (приток Белой) и несколько деревень с названием Кинзеево. Предки носителя фамилии могли получить её по месту жительства: «Кинзеев» — «выходец с Кинзея». Такая модель (фамилия по названию реки или села) характерна для северных и восточных регионов России, где фамилии часто фиксировали географическую привязку, а не род занятий.

Словообразовательный суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы) указывает, что фамилия сформировалась в среде, где патронимическая модель уже устоялась, но основа осталась тюркской. Это типично для русскоязычной записи башкирских и татарских родовых имён в XVII–XIX веках.

Версия о происхождении от прозвища «Кинзя» (младший сын) правдоподобна, но слабее топонимической: слишком узкая география бытования фамилии. Если бы основой было только личное имя, фамилия встречалась бы шире, а не концентрировалась в одном регионе.

Таким образом, Кинзеев — это «географическая» фамилия, указывающая на корни из башкирского Приуралья, где предки жили на реке или в селе с тюркским названием. Встречается она редко, в основном в Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях.