Фамилия Кипайкина — женская форма фамилии Кипайкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или неканонического имени Кипайка. Это типичная модель для русских фамилий на -ин, указывающая на принадлежность: чей сын? — Кипайкин, то есть сын Кипайки.

Корень «кипай» — редкий и неочевидный. Самое вероятное объяснение лежит в диалектной лексике. В некоторых русских говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, «кипать» означало «кипеть», «бурлить», «волноваться». Отсюда «кипай» или «кипайка» — человек вспыльчивый, горячий, либо, напротив, суетливый и непоседливый. Прозвище могли дать за характер. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «кипа» (мешок, тюк) — в этом случае прозвище относилось бы к торговцу или возчику, работающему с товаром в тюках. Однако для русского уха форма «Кипайка» звучит скорее как ласкательное или уменьшительное от глагольной основы, поэтому версия с характером предпочтительнее.

География фамилии узкая. Основной ареал Кипайкиных — центральные и южные районы России, с заметным скоплением в Воронежской и Липецкой областях. Встречается она и на Украине, что может указывать на миграцию крестьян в XIX веке. Фамилия недворянская, нестарая: суффикс -ин и прозвищная основа выдают крестьянское или мещанское происхождение. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии чаще всего значатся как государственные крестьяне или однодворцы.

Ударение в фамилии плавающее: можно услышать и Кипа́йкина (с ударением на второй слог), и Кипайкина́ (с ударением на последний). Первый вариант ближе к исходному прозвищу, второй — к инерции фамилий на -ин, где ударение часто смещается на окончание в женской форме. Спорных версий у фамилии немного — корень настолько редок, что лингвисты обычно сходятся на диалектном «кипать» без альтернатив.