Фамилия Кипнис — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение, стоит только прислушаться к звучанию. В основе её лежит украинское слово «кiрпонис» — «с приплюснутым носом». Так на востоке Украины могли прозвать человека с характерной внешностью, а точнее — с необычной формой носа. Прозвище перешло в фамилию, но не напрямую, а через еврейскую традицию адаптировать чужие слова на свой лад. В результате «кiрпонис» превратился в Кипнис — более короткую и удобную для произношения форму.

Такая модель образования — не редкость среди еврейских фамилий Восточной Европы. Местное население давало прозвища, а евреи, жившие в тех же регионах, нередко брали их за основу, слегка изменяя под свои фонетические привычки. В отличие от ашкеназских фамилий немецкого происхождения вроде Вейценбаум («пшеничное дерево»), Зауэрштром («кислый поток») или Левенфиш («рыба-лев»), Кипнис не содержит ни метафоры, ни сложного образа. Это прямое, почти бытовое описание — приплюснутый нос. Такие прозвища давали без особой фантазии, но именно они лучше всего сохраняют живую речь и внешний облик предка.

Фамилия не получила широкого распространения и остаётся довольно редкой. Её носители встречаются в основном среди евреев, чьи корни уходят на территорию современной Украины. По суффиксу и окончанию определить сословную принадлежность невозможно: фамилия не оформилась по русской модели с -ов или -ин, а сохранила исходную форму прозвища. Это типично для еврейских фамилий, которые часто не подчинялись местным словообразовательным шаблонам, а фиксировались так, как звучали в речи.