Фамилия Кипунова — женская форма фамилии Кипунов. Её основа — прозвище или нецерковное имя Кипун. В русской ономастике слово «кипун» имеет два основных значения, и оба ведут в разные стороны.

Первое — диалектное. В ряде говоров, особенно на севере и в Сибири, «кипуном» называли ключ, родник, бьющий из-под земли. Прозвище могли дать человеку, жившему у такого источника, или тому, кто владел землёй с родником. Второе значение — «кипун» как производное от глагола «кипеть», то есть вспыльчивый, горячий человек. В этом случае прозвище отражало характер: кто-то легко закипал, не терпел обид.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс -ов присоединялся к основе, указывая на принадлежность («сын Кипуна»). В документах фамилия встречается с XVII века. Например, в переписных книгах Вологодского уезда 1678 года упоминается крестьянин Ивашко Кипунов — скорее всего, прозвище там связано с местностью, а не с нравом.

Интересно, что фамилия редкая и почти не выходит за пределы северных и центральных областей России. Встречается в Архангельской, Вологодской, Костромской областях и на Урале. Вариант Кипунова, соответственно, распространился там же, но в женской форме фиксируется в метрических книгах XIX века.

Если выбирать между двумя версиями, более правдоподобна «географическая»: родник, ключ. Прозвища по природным объектам в северных говорах были распространены шире, чем прозвища по характеру, и часто закреплялись за целыми семьями. Впрочем, окончательно решить это может только знание конкретной семейной истории — был ли предок известен крутым нравом или жил у воды.