Фамилия Капунова — женская форма распространённой фамилии Капунов, которая в основе своей имеет прозвище Капун. Вопрос происхождения этого прозвища неоднозначен, и здесь стоит разобрать две основные версии, связанные с белорусским языком.

Первая и наиболее вероятная версия связывает прозвище Капун с глаголом «капаць» — «копать, рыть». В таком случае прозвище носило профессиональный характер: Капуном могли называть землекопа, человека, занятого рытьём ям, колодцев или канав. Это объяснение логично и встречается в ономастических исследованиях восточнославянских фамилий, где суффикс -ун нередко образует названия лиц по действию (ср. бегун, крикун).

Вторая версия отталкивается от существительного «капа» — «покрывало на кровать, одеяло». Согласно ей, Капун — это мастер по изготовлению таких покрывал. Эта гипотеза менее убедительна, поскольку суффикс -ун в названиях ремесленников встречается реже, чем в названиях по действию, но полностью исключать её нельзя: в белорусских говорах слово «капа» действительно фиксируется.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прозвища Капун добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Капуна»). Таким образом, Капуновы — это потомки человека по прозвищу Капун.

Фамилия не относится к числу редких. В Памятных книгах и архивных записях встречаются разные ветви рода. Например, в Книге памяти Республики Татарстан упомянут Степан Иванович Капунов, 1917 года рождения, уроженец села Кишметьево Арского района. Эта запись — одно из немногих документальных подтверждений бытования фамилии в Поволжье.

Интересно, что при всей кажущейся прозрачности корня «кап-» (который в русском языке чаще ассоциируется с капанием или капустой), этимология фамилии уходит именно в белорусскую лексику, что может указывать на западные или юго-западные корни родоначальника.