Фамилия Карпунов образована от личного имени Карпун — одной из народных форм канонического имени Карп. В основе этого имени лежит греческое слово karpos, которое переводится как «плод» или «приносить пользу». Однако есть и вторая версия, по которой имя Карп (а значит, и его производная форма Карпун) было мирским, то есть нецерковным, и давалось по названию рыбы. В древнерусской традиции такие «рыбные» имена встречались нередко: считалось, что имя-оберег передаёт ребёнку свойства живого существа — в данном случае выносливость и плодовитость.

Сам суффикс -ов в фамилии Карпунов указывает на типичную для русских фамилий модель принадлежности: «чей?» — «Карпунов», то есть сын, потомок Карпуна. Такая модель была самой распространённой в центральных и северных губерниях России, где фамилии на -ов и -ин охватили большинство крестьянского и мещанского населения к XIX веку.

Любопытно, что в отличие от фамилий Карпов или Карпин, которые тоже восходят к тому же корню, Карпунов сохранила более редкую суффиксальную форму имени. Карпун — уменьшительно-ласкательный вариант, который в быту использовали не реже, чем полное имя. Поэтому предки современных Карпуновых могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми, а сама фамилия не привязана к какому-то одному региону: встречается и в рязанских, и в вологодских, и в сибирских архивах.

Таким образом, фамилия Карпунов — это не просто указание на предка по имени Карп, а свидетельство того, что в семье закрепилась именно народная, разговорная форма этого имени, что само по себе говорит о глубине бытовой традиции.