Фамилия Карпунин ведет свое начало не от названия рыбы карп, а от крестильного мужского имени Карп. Оно имеет греческое происхождение и в переводе на русский язык означает «плод». Это имя имело ряд производных форм, одна из которых — Карпуня — и легла в основу данной фамилии. Менее вероятной представляется связь фамилии с диалектным глаголом «карпаться», т.е. «копаться, медленно что-либо делать». Кроме того, в белорусских говорах широко распространено было слова «карпач» — «ленивый ребенок». Исходя из такой гипотезы, можно предположить, что прозвище Карпуня отражало особенности характера или поведения личности. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карпуня, со временем получил фамилию Карпунин.