Карпун - производная форма мужского крестильного имени Карп, которое образовано от греческого «karpos», что значит «приносить пользу» или «плод». Менее вероятно, что в основе фамилии лежит не христианское, а языческое, народное имя Карпун, данное по названию рыбы «карп». Давая младенцу такое имя, как Карпун, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта рыба.