Фамилия Карпун образована от имени или прозвища, и у этого корня есть два объяснения. Основная версия — производная форма мужского крестильного имени Карп. Оно пришло из греческого языка, где «karpos» означает «плод» или «приносить пользу». В православных святцах имя Карп связано с апостолом от семидесяти, учеником апостола Павла. Фамилии на -ун в русской традиции часто образовывались от личных имён: так же, как Потап превращался в Потапуна, а Фома — в Фомуна, Карп дал форму Карпун. Суффикс -ун здесь не уменьшительный, а скорее обиходный, разговорный. Он мог указывать на принадлежность к семье — «сын Карпа» или просто «Карпов».

Вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований, — языческое прозвище по названию рыбы карп. В народной среде дохристианские имена по названиям животных, птиц и рыб были обычны. Давая ребёнку прозвище Карпун, родители могли желать, чтобы природа приняла его как своего и передала ему полезные качества, которыми наделяли эту рыбу: плодовитость, живучесть, способность быстро расти. Однако стоит помнить, что греческое имя Карп и славянское название рыбы карп — это омонимы, случайно совпавшие по звучанию. Церковное имя было широко распространено, поэтому первая версия остаётся основной.

Фамилия Карпун встречается преимущественно в южнорусских и украинских землях, где суффикс -ун в фамилиях особенно характерен. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые прямо указывают на отца (чей сын), модель на -ун фиксирует прозвищное имя самого человека, без дополнительного притяжательного суффикса. Это редкий тип словообразования для русских фамилий, что делает Карпун заметной на фоне более частых Карповых и Карпиных.