Фамилия Карпуненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, исторически означал «маленький», «сын» или «потомок». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто фиксировали принадлежность главе семьи (например, «Иванов» — сын Ивана), суффикс -енко указывал на происхождение в более широком смысле: «Карпуненко» — это потомок человека по имени или прозвищу Карпун.

Основа фамилии — Карпун. Здесь возможны два пути. Первый и наиболее вероятный: это производная форма от канонического имени Карп. В народной среде имена часто «укорачивали» или видоизменяли, добавляя уменьшительные суффиксы. Карп → Карпун (по аналогии с Иван → Иванун, Пётр → Петрун). Значит, предок носителя фамилии мог быть Карпом, которого в быту звали Карпуном. Второй путь, менее распространённый, но не исключённый: прозвище Карпун, образованное от диалектного глагола или существительного. В южнорусских говорах «карпун» иногда называли человека с большими, навыкате глазами (от «карпулька» — выпуклость), но эта версия слабее, так как имя Карп было очень популярно у крестьян и мещан.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Киевщина, Сумщина), а также к югу России (Кубань, Ростовская область) — территориям, где активно расселялись украинские казаки и крестьяне. Именно в этих регионах модель на -енко была доминирующей.

Социальный контекст тоже важен. Фамилии на -енко в XVII–XVIII веках часто закреплялись за казаками и свободными крестьянами, которые не были крепостными. В отличие от фамилий на -ов, которые массово давали помещики своим крестьянам, «Карпуненко» могла возникнуть естественным путём, в общине, и указывать на принадлежность к определённому роду. Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Карпенко — более распространённый вариант от полного имени Карп; Карпуненко — более редкая и конкретная форма, указывающая на конкретное прозвище отца. Встречается и вариант Карпунов, но он уже тяготеет к русской модели и чаще встречается в северных регионах.