Фамилия Карпунина — классический пример «матронимической» или, точнее, «патронимической» фамилии, образованной через суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Карпунина — значит «дочь или жена Карпуни». А Карпуня — это одна из множества уменьшительно-ласкательных форм имени Карп.

Спор об основе имени идёт с античных времён. Первая и самая распространённая версия возводит имя Карп к греческому «karpos» — «плод» или «приносить пользу». В христианской традиции имя закрепилось благодаря святому Карпу, апостолу от семидесяти. Вторая, бытовая версия, связывает имя с рыбой карпом. На Руси такие «рыбные» имена (Карась, Ёрш, Линь) давали не в насмешку, а как оберег: считалось, что имя, взятое у природы, сделает ребёнка «своим» для неё и передаст ему жизнестойкость и плодовитость карпа.

Менее убедительно выглядит версия о связи фамилии с диалектным глаголом «карпаться» (копаться, медлить). В белорусских говорах действительно есть слово «карпач» — так называли ленивого или медлительного ребёнка. Однако, по законам русской ономастики, фамилии на -ин от прозвищ, оканчивающихся на -а, образуются напрямую: Карпач → Карпачин, а не Карпунин. Поэтому основа Карпуня почти наверняка восходит к имени Карп, а не к глаголу.

Что касается географии, фамилия Карпунина — не редкая, но и не массовая. Она встречается в центральных областях России, на Урале и в Зауралье, куда её занесли переселенцы из новгородских и вятских земель. Встречаются и однокоренные фамилии: Карпов (самая распространённая), Карпухин, Карпушкин, Карпенко (украинская линия). Карпунина стоит в этом ряду особняком благодаря редкому суффиксу -ин, который в данном случае подчёркивает, что фамилия закрепилась именно в женской форме — вероятно, по имени вдовы или дочери, которая вела хозяйство.

Таким образом, предок современных Карпуниных, скорее всего, был просто человеком по имени Карп, которого в быту звали ласково Карпуней. Никакой тайной профессии или яркого прозвища за этой фамилией не стоит — только древнее имя, укоренившееся в крестьянской среде.