Фамилия Карпуничев образована от просторечной формы крестильного имени Карп — Карпуня. Вопреки возможной догадке, к рыбе карпу фамилия отношения не имеет. Имя Карп пришло на Русь из греческого языка, где означало «плод». В православных святцах почитается несколько святых с этим именем, в том числе апостол от семидесяти Карп, ученик апостола Павла, и пергамский великомученик Карп.

Модель образования фамилии — суффикс -ичев, характерный для северных и центральных русских говоров. Он присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный: Карпуня → Карпуничев. В других регионах ту же самую основу могли оформить суффиксом -ин (Карпунин) или -ев (Карпунев). Таким образом, по суффиксу можно примерно определить, откуда родом предки носителя фамилии.

В основе лежит мирское имя Карпуня — ласкательная или обиходная форма, которой в семье называли мальчика, наречённого Карпом. Такие уменьшительные имена в быту почти вытесняли полное церковное имя, и именно от них впоследствии образовывались фамилии. Потомок человека по прозвищу Карпуня со временем стал писаться как Карпуничев — буквально «сын Карпуни».