Фамилия Карпунов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Карпунов послужило церковное имя Карп. Карпун — одна из форм канонического мужского имени Карп, которое восходит к греческому karpos – «приносить пользу». Также не исключено, что в основе фамилии лежит мирское имя Карп, данного по названию рыбы. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карпун, со временем получил фамилию Карпунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Карпунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Карпунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.