Фамилия Карпунины — одна из тех, где народная форма имени оказалась прочнее официальной. В её основе лежит не название рыбы, как может показаться на первый взгляд, а мужское крестильное имя Карп. Оно пришло на Русь из греческого языка, где означало «плод». Имя было распространённым, и со временем от него образовалось множество уменьшительных вариантов. Один из них — Карпуня — и стал прямым предком фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карпунин буквально значит «сын Карпуни» или «человек из рода Карпуни». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а или -я. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в центральных и южных регионах, фамилии на -ин тяготеют к северу и северо-востоку Руси, хотя встречаются повсеместно.

Менее вероятная, но всё же возможная версия связывает фамилию не с именем, а с прозвищем. В некоторых говорах слово «карпаться» означало «копаться, медлить», а в белорусских диалектах «карпач» — это ленивый ребёнок. Если прозвище Карпуня действительно отражало характер, то фамилия могла закрепиться за неспешным или медлительным человеком. Однако эта гипотеза уступает основной — именной, потому что антропонимические модели русского языка гораздо чаще строятся на крестильных именах, чем на редких диалектных глаголах.

Точное место и время возникновения фамилии Карпунины установить сложно: процесс становления фамилий у разных сословий растянулся на несколько столетий. Ясно одно — фамилия эта не случайна и не надумана, а выросла из живого общения, где человека называли не по паспорту, а по-домашнему, по-свойски.