Фамилия Капунцов — один из тех случаев, когда за привычным «-ов» скрывается неочевидная основа. Вопреки ожиданию, она вряд ли связана с «капустой» (хотя народная этимология могла бы подсказать такое). Скорее всего, в её основе лежит прозвище Капунец, а сам корень восходит к диалектному слову «капун» или «капунь».

В русских говорах, особенно южных и западных, «капуном» называли каплуна — холощёного петуха, которого откармливали на мясо. Прозвище Капун, или Капунец, могли дать либо птицеводу, торговавшему такой птицей, либо человеку с повадками, напоминавшими эту домашнюю птицу: сытому, важному, медлительному. Встречается и версия, что «капун» — это вариант слова «копун» (копунья), то есть человек, который копается, возится медленно. Однако связь с конкретным ремеслом или занятием выглядит правдоподобнее: в старину держать каплунов было делом доходным, а мастера по их выращиванию выделялись в общине.

Морфология фамилии проста: суффикс -ец дал основу Капунец, а затем стандартный русский патронимический суффикс -ов превратил её в Капунцов. Буква «ц» перед суффиксом перешла в «ц», что типично для такого словообразования (ср. Кузнецов, Стрельцов). То есть буквально фамилия означает «сын Капунца» или «потомок Капунца».

С географией у фамилии всё сдержанно: Капунцовы встречаются в разных регионах, но заметных гнёзд не образуют. В дореволюционных списках и переписях она редка. В словаре Б. Унбегауна или В. Никонова прямого упоминания нет — это говорит о том, что фамилия не была массовой и возникла, скорее всего, в одной локальной местности, а затем разошлась по стране.

Интересная деталь: фамилия могла писаться и как Капунцев, если в основе лежала форма Капунец (с мягким «ц»), но вариант с «цо» закрепился в официальных документах. Встречается также вариант Капунцов с ударением на второй слог, хотя логичнее ставить ударение на «у»: Капýнцов. Носителям фамилии стоит помнить, что их предок, скорее всего, был не просто крестьянином, а человеком, чьё прозвище указывало на конкретное занятие — откорм птицы.