Фамилия Капунина — женская форма, но в её основе лежит мужская фамилия Капунин. Образована она по самой распространённой в русском языке модели: с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. Изначально Капунин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу или имени Капуня. Сама основа Капун- вызывает вопросы: что это могло значить?

Здесь есть несколько версий, и ни одна не выглядит надуманной. Первая и самая прямая — от слова «капуста». В русских говорах «капуней» или «капуном» могли называть любителя капусты, огородника, торгующего капустой, или просто человека с большой головой (в шутку, по сходству с кочаном). Вторая версия связана с диалектным словом «капун» — так в некоторых областях называли капкан или ловушку на зверя. Тогда прозвище Капуня мог получить охотник или, напротив, человек, попавший в неприятность.

Третья, менее вероятная, но возможная — от имени Капитон (в народной форме Капоня, Капуня). Это имя греческого происхождения, означающее «головастый» или «упрямый». Уменьшительная форма Капуня могла закрепиться как фамильное прозвище.

Географически фамилия Капунины встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это регионы, где огородничество было развито, но и охота с капканами — тоже. Спор между «капустной» и «капканной» версиями решается только в каждом конкретном роду, но для большинства носителей фамилии, скорее всего, исходным было прозвище, данное по характеру или занятию, а не по редкому имени.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин чётко указывает на принадлежность к конкретному лицу: Капунин — «маленький Капуня», потомок человека с этим прозвищем. Сейчас фамилия редкая, но не исчезающая — её можно встретить и в городах, и в сёлах.