Фамилия Капунин, на первый взгляд, кажется «овощной» и прозрачной, но это как раз тот случай, когда простота обманчива. Самая очевидная версия — от слова «капуста». Однако в русской ономастике прозвища, данные напрямую по продукту питания, встречаются реже, чем производные от ремесла или внешности. Куда вероятнее, что в основе лежит не сама капуста, а прозвище Капуня.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Капунин — «чей?» — сын Капуни. А вот кто такой Капуня? Вариантов два. Первый: так могли прозвать человека, который торговал капустой, квасил её или выращивал на продажу. Второй, более правдоподобный с точки зрения народной антропонимики: Капуня — это форма имени или прозвища Капун. Слово «капун» в русских говорах (особенно в южных и рязанских) означало «петух» или «индюк». Такое прозвище давали задиристому, драчливому человеку, любителю «напускать петуха». В этом случае фамилия Капунин оказывается в одном ряду с Петуховым, Каплуновым и Индюковым — то есть имеет «птичье» происхождение, а не огородное.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниям — именно там диалектное слово «капун» было в ходу. Встречается и вариант Капунов, который образован по той же модели, но с более распространённым суффиксом -ов. Капунин — форма более редкая, что косвенно подтверждает её связь с личным прозвищем Капуня, а не с устоявшимся ремесленным именованием.

Таким образом, если ваш предок нёс фамилию Капунин, он с высокой долей вероятности был не огородником, а человеком с бойким, задиристым нравом — тем, кого в деревне называли «капуном».