Фамилия Капунов — одна из тех, где происхождение не лежит на поверхности. Вопреки первому впечатлению, она не связана с капустой. Её основа — прозвище Капун, а вот его значение может быть как минимум двояким, и обе версии уводят нас в белорусские говоры.

Первая и самая вероятная версия — профессиональная. Прозвище Капун образовали от белорусского глагола «капаць», то есть «копать, рыть». Так могли назвать землекопа, человека, который рыл ямы, колодцы или канавы. Это типичная модель для русских и белорусских фамилий: по роду занятий человека. Суффикс -ун в прозвище (как, например, в словах «говорун», «бегун») указывает на деятеля, склонного к определённому действию. Капун — тот, кто копает.

Вторая версия связывает прозвище с белорусским существительным «капа» — «покрывало на кровать, одеяло». В этом случае Капуном могли прозвать мастера, который такие покрывала изготавливал. Версия менее распространённая, но лингвистически возможная, поскольку в основе прозвища могла лежать не только профессия, но и предмет, с которым человек был тесно связан.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов присоединился к основе прозвища, и «Капунов» стало означать «сын Капуна». Такая модель в XVI–XVII веках закрепилась как основная для крестьян и посадских людей в центральной России и Поволжье.

Интересно, что в официальных источниках фамилия встречается, например, в Книге памяти Республики Татарстан: там упомянут Степан Иванович Капунов, 1917 года рождения, из села Кишметьево Арского района. Эта запись показывает, что фамилия бытовала в смешанных регионах Поволжья, где пересекались русские и тюркские традиции именования. В отличие от многих фамилий, завязанных на одно конкретное ремесло, Капунов допускает сразу два толкования — землекоп или мастер по покрывалам, и какая из версий верна для конкретной семьи, без дополнительных генеалогических изысканий не определить.