Фамилия Кабунов — один из тех случаев, где за привычным русским окончанием -ов скрывается неочевидная основа. Если отбросить суффикс принадлежности, остаётся корень «кабун». В русском языке такого слова нет, но оно встречается в тюркских, и именно там, скорее всего, лежит разгадка.

Самая прямая версия отсылает к тюркскому «кабун» — «тыква» или «кабачок». В тюркских языках это слово могло быть и личным именем-оберегом, и прозвищем: так могли назвать круглолицего человека или того, кто выращивал и торговал бахчевыми. В пользу этой версии говорит и география: фамилия Кабунов встречается в Поволжье, на Урале и в южных регионах, где исторически сильно тюркское влияние. По той же модели образованы фамилии Кабанов (от «кабан») и Капустин, но основа у них славянская, а у Кабунова — заимствованная.

Есть и другая гипотеза: «кабун» могло быть вариантом прозвища «кабан» в диалектном произношении. В некоторых говорах, особенно на стыке с украинским и белорусским языками, «кабан» произносили как «кабун», и фамилия просто закрепила это звучание на письме. Однако эта версия менее вероятна: если бы основа была славянской, мы бы чаще видели написание «Кабанов», а «Кабунов» — более редкий и локальный вариант, что как раз характерно для заимствованных корней.

Суффикс -ов указывает, что фамилия формировалась в центральной и северной Руси в XV–XVII веках как отчество: «чей сын?» — Кабунов, то есть сын Кабуна. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами — фамилия не фигурирует в родословных книгах и не имеет дворянских гербов. Встречается она нечасто, что делает её интересной для генеалогов: каждый конкретный случай Кабуновых, вероятно, восходит к одному предку-основателю, получившему прозвище за внешность или занятие.