Фамилия Кирщеня — редкий пример, где на стыке языков и культур рождается неочевидная, но логичная словообразовательная модель. Её основа — не славянское имя или прозвище, а тюркское слово «кирш» или «кырш», означающее «толстый, грубый», а в переносном смысле — «неотёсанный, простой человек». В белорусском и украинском языках это слово закрепилось в форме «кирш» или «керш» как прозвище для крупного, плотного человека или для того, кого считали грубоватым.

Суффикс -еня — характерный для восточнославянских фамилий, особенно распространённых на территории современной Беларуси и западных областей Украины. Он образует так называемые патронимы (по отцу) или матронимы (по матери) от прозвищ и имён: Кирщеня — буквально «сын Кирща» или «человек из рода Кирща». Аналогичные модели — Карпеня (от Карп), Демченя (от Демьян), Матвееня. В польской традиции похожий суффикс -ęta давал фамилии вроде Кирщента, но в русской передаче он упростился до -еня.

Географически фамилия Кирщеня привязана к западу Беларуси — Гродненская, Брестская области, а также к приграничным районам Польши (Подляшье). Это зона активного польско-белорусского языкового контакта, где тюркские заимствования проникали через татарские поселения или через казачью среду. Встречается фамилия и в Литве, но реже.

Сословно носители Кирщени, скорее всего, относились к крестьянам или мелкой шляхте — в Речи Посполитой такие фамилии на -еня нередко получали выходцы из непривилегированных слоёв. В XIX веке при переписях фамилию могли записать по-разному: Кирщеня, Кирщене, Киршченя — из-за неустойчивости белорусской орфографии под русским влиянием.

Есть и менее вероятная версия — от личного имени Кирилл через уменьшительную форму Кирша. Но тогда ожидалась бы фамилия Киршин или Киршев, а суффикс -еня в этом случае выглядит чужеродно. Так что основная гипотеза — тюркское прозвище, адаптированное на восточнославянской почве.