Фамилия Кисагулов — редкий случай, где прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с ремеслом или внешностью, а с характером или поведением. Корень здесь — «кисаг», который в тюркских языках (скорее всего, в казахском или башкирском) означает «скупой», «жадный», «скряга». Соответственно, Кисагул — это «скупой парень» или «скупой человек». Суффикс «-ул» в тюркских именах и прозвищах — типичный компонент, образующий личное имя или прозвище (сравните с именами Айгул, Кундузгул). Русский суффикс «-ов» добавился уже при русификации, когда фамилию оформляли по стандартной модели принадлежности: «чей? — Кисагулов», то есть потомок Кисагула.

Версия о происхождении от более нейтрального «киса» (резать, кроить) маловероятна: тогда фамилия звучала бы как Кисаев или Кисанов. Прозвище «Скупой» давали не обязательно в осуждение — в крестьянской среде бережливость и расчётливость могли быть и уважаемым качеством, и предметом насмешки, в зависимости от контекста. Первые носители фамилии, скорее всего, жили в Оренбургской, Челябинской областях или в Башкортостане — регионах, где исторически селились башкиры и татары, а затем их фамилии адаптировались к русской канцелярской норме.

Фамилия очень редкая. Её носители — почти исключительно потомки тех, кто в XVIII–XIX веках получил фамилию по прозвищу предка, которое не успело стереться в памяти. Если встретите Кисагулова за пределами Урала или Поволжья, это, вероятно, результат миграции XX века. В написании стоит обратить внимание на ударение: скорее всего, оно падает на второй слог — КисАгулов, хотя в разговорной речи возможны варианты.