Фамилия Кисагулова — редкий случай, когда тюркское имя-основа и русский суффикс встретились в неожиданном соседстве. Разбирать её стоит не с корня, а с суффикса: -ов(a) здесь женская форма от мужской Кисагулов, а сам суффикс указывает на принадлежность — «чей?» — то есть потомок человека по прозвищу или имени Кисагул.

Основа Кисагул, скорее всего, составное тюркское имя. Первая часть — кис- (от тюркского «киса» — «отрезать, укорачивать» или «кичи» — «маленький, младший»). Вторая часть — -гул (от персидского «гуль» — «цветок, роза»). В тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, такие композиты были популярны: «Кисәғол» могло означать «маленький цветок» или «младший цветок» — ласковое имя для младшего сына или ребёнка, которого хотели уберечь от сглаза. Есть и менее романтичная версия: «киса» могло быть вариантом «кыс» (девушка), тогда имя означало бы «девичий цветок» — так могли назвать долгожданную дочь в семье, где ждали мальчика.

Географически фамилия тяготеет к южному Уралу и Зауралью — это зона расселения башкир, татар и казахов. Встречается она редко, и это не случайно: составные имена на -гул в русской паспортной системе часто обрусевали в форму с суффиксом -ов, но большинство сохранилось в исходном виде (Кисагуловы, а не Кисагуловы). Вариант Кисагулова — женская форма, и она говорит о том, что носительница происходит из семьи, где фамилию закрепили в XIX веке при переписях, когда башкирам и татарам массово давали фамилии по имени отца.

Если копнуть глубже, в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» есть указание на то, что фамилии на -гулов (-голов) особенно характерны для башкир и татар-мишарей. Кисагулова стоит в одном ряду с Бикгуловым, Ягуловым, Тлягуловым — все они образованы от имён с корнем «гул» (цветок), но с разными первыми частями. Разница в том, что «киса» — более архаичный компонент, почти исчезнувший из современного имяслова.

Предки Кисагуловых, скорее всего, были сельскими жителями — скотоводами или земледельцами, и фамилия не указывает на знатное происхождение. Это просто «сын Кисагула», и за этим именем стоит конкретный человек, которого так назвали в XVIII или начале XIX века, возможно, за маленький рост или за то, что он был младшим ребёнком.