Фамилия Кисаева — женская форма от мужской Кисаев. В её основе лежит прозвище или имя Кисай, а суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын Кисая». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на -й.

Корень «кис-» в русских говорах многозначен. Самое прямое объяснение — связь с кислым вкусом или процессом закваски. В старину кисляком, кислым называли не только еду, но и человека — вялого, плаксивого или, наоборот, с кислым выражением лица. Однако у слова есть и ремесленный оттенок: кислый могло означать мастера по квашению, кожевника или пивовара. В северных и центральных губерниях «кислые» прозвища давали людям, занятым приготовлением кваса или солений.

Версия о тюркском происхождении менее вероятна, но возможна. В некоторых тюркских языках «кис» — это «девушка» или «дочь», однако фамилии с таким корнем чаще встречаются у народов Поволжья и Кавказа, а не в исконно русской среде. Для русской фамилии Кисаева тюркский след выглядит натяжкой, если нет документальных подтверждений именно такого заимствования.

Географически фамилия редкая. Встречается в Поволжье, особенно в Ульяновской и Самарской областях, а также в Башкортостане. В XIX веке носители фамилии числились среди государственных крестьян и мещан. По сословной принадлежности это, скорее всего, непривилегированные слои — крестьяне или ремесленники, чьё прозвище закрепилось за родом.

Интересная деталь: в некоторых говорах «кисай» могли называть человека, который «кисает» — то есть громко чихает или кашляет, но это узкая диалектная черта, не получившая широкого распространения. Скорее всего, Кисаевы — потомки человека, получившего прозвище либо по характеру, либо по занятию, связанному с квашением и брожением.