Фамилия Кисакова — женская форма от Кисаков, и её разбор стоит начать с неочевидного на первый взгляд корня. На слух фамилия кажется иноязычной, но в русской ономастике она укладывается в модель, где основа — прозвище или имя, а суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Вопрос в том, что скрывается за «Кисак-».

Самая вероятная версия — связь с тюркскими языками. В них «кисак» или «кисаклы» могло означать «сжатый», «короткий» или даже «скупой» (от глагола «кысу» — сжимать, давить). Такие прозвища давали людям с прижимистым характером либо невысокого роста. В Поволжье и на Урале, где издавна жили татары, башкиры и чуваши, фамилии на -ов от тюркских основ — обычное дело. Кисакова могла возникнуть в среде крещёных татар или русских, перенявших прозвище от соседей.

Менее распространённая, но допустимая версия — от имени Кисак, уменьшительной формы от канонического имени Косма (Кузьма) или от редкого греческого имени Киссей. В этом случае фамилия встраивается в ряд Кузьмин, Космаков, где суффиксация меняла звучание основы. Однако следов такого имени в крестильных сводках почти нет, поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Суффикс -ов стандартен для русских фамилий второй половины XVI–XVII века, когда формировалась основная масса дворовых и крестьянских родов. Географически Кисакова встречается в основном в центральной России и в регионах с татарским влиянием — в Татарстане, Башкирии, Оренбуржье. В дореволюционных переписях фамилия не была распространённой, что говорит о её локальном характере: вероятно, один род дал начало нескольким ветвям, не разошедшимся далеко.

Словообразовательно фамилия проста: основа Кисак + притяжательный суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — КисАкова, хотя в говорах возможно смещение. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь работает модель «сын Кисака», что типично для прозвищ и нецерковных имён.