Скорее всего, фамилия Кисаков образована от топонима Кисак: так называется местечко в Словакии, расположенное недалеко от города Кошице, среди гор, на берегу реки Горнат. Вероятно, родоначальник Кисаковых был выходцем из этой местности. Сам топоним, вероятно, происходит от тюркского слова «кисак» - «глина». Скорее всего, в этой местности когда-то были глинистые почвы. Существует и другая, менее правдоподобная гипотеза происхождения фамилии Кисаков. Возможно, она образована от армянского имени Кисак, которое восходит к слову «кисак» - «полдневное расхождение между лунным месяцем (291/2 дня) и солнечным (30 дней)». Сегодня многие обладатели фамилии Кисаковы проживают в Молдавии. Таким образом, человек, предка которого звали Кисак, со временем получил фамилию Кисаков.