Фамилия Кисанов, скорее всего, образована от прозвища или имени Кисан. Точное происхождение основы неочевидно, и на этот счёт есть как минимум две версии. Первая связывает прозвище Кисан с жителями Рязанского княжества: «кисанами» в старину называли выходцев из этих земель. В этом случае фамилия указывала на место, откуда родом был предок. Вторая версия выводит прозвище из арабского слова «kisan», что значит «пашня, нива» — тогда основа намекает на занятие предка, скорее всего, крестьянский труд.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Кисанов — буквально «сын Кисана». Сама основа фамилии короткая и редкая, что делает её интересной для этимологов. В отличие от распространённых фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Кисанов почти наверняка произошёл от прозвища или мирского имени.

География фамилии прослеживается по документам. В Книге памяти Оренбургской области упомянут часовой мастер Кисанов Георгий Андреевич, родившийся в 1893 году в Бузулуке. В Книге памяти Астраханской области записан крестьянин Кисанов Апкали, 1930 года рождения, из села Тюлендеевка Марфинского (ныне Володарского) района. Эти записи показывают, что фамилия встречалась и в среде ремесленников, и среди крестьян, причём в разных регионах — от Поволжья до юга России.

Исторический контекст первой версии связан с драматической судьбой Старой Рязани. Город, находившийся в 50 километрах от современной Рязани, был разграблен и сожжён владимирским князем Всеволодом Большое Гнездо в 1208 году, а жителей угнали в рабство. Позже выживших освободил его сын Юрий Всеволодович, но возродить город не удалось: в 1237 году его захватили и снова сожгли монголо-татары. Восстановление продолжил князь Козьма Игоревич, получивший ордынский ярлык, но к середине XIV века центр княжества перенесли в Переяславль-Рязанский. Прозвище «кисан» могло закрепиться за человеком, перебравшимся из этих разорённых земель в другие области.