Фамилия Кисанин — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или мирским именем Кисана. В русской ономастике эта модель образования хорошо известна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?») — «сын Кисаны» или «потомок Кисаны». Основа здесь нестандартная, и чтобы понять её корень, нужно заглянуть в диалектную лексику.

В южнорусских и украинских говорах слово «киса» означало не только кошку, но и нечто другое: кису (или кисуху) называли денежный мешок, кошель (от тюркского «киса» — мешок, мошна). Прозвище Кисана могли дать человеку прижимистому, бережливому или, наоборот, тому, кто носил с собой большой кошель — например, купцу или сборщику податей. Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: Кисана — это производное от крестильного имени Киприан (в народной форме Кися, Кисан). Однако в этом случае логичнее было бы ожидать фамилию Киприанов или Кисин, а форма с суффиксом -ан- (Кисана) чаще встречается именно в прозвищной среде.

Географически фамилия Кисанин тяготеет к югу России и востоку Украины — регионам, где тюркские заимствования в бытовой речи были особенно сильны. Встречаются варианты написания с одной «с» (Кисанин) и с удвоенной (Киссанин), но последний — большая редкость и, скорее всего, результат ошибки в документах.

Самый ценный факт, который отличает эту фамилию от массы других на -ин: её основа — не «кошка» (как могло бы показаться на первый взгляд), а денежный мешок. Таким образом, предок носителя фамилии Кисанин с большой вероятностью был не «кошачьим человеком», а либо скопидомом, либо торговцем, чья профессия была неразрывно связана с кисой-мошной.