Фамилия Кисарин — один из тех редких случаев, где на первый план выходит не основа, а суффикс. В русском языке фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я (Петров — от Пётр, но Петин — от Петя). Кисарин же происходит от слова «кисарь» или «кисаря», а не от «Кисара». Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность: «чей?» — Кисарин, то есть сын или потомок Кисаря.

Само слово «кисарь» — диалектное. В южнорусских и украинских говорах так называли человека, который занимается квашением и засолкой, то есть делает кислые продукты — квашеную капусту, соленья. Вероятно, родоначальник фамилии был либо ремесленником-засольщиком, либо держал торговлю соленьями. Вторая версия менее очевидная, но возможная: «кисарь» — искажённое «цесарь» (царь) в простонародном произношении, но это скорее гипотеза, не подкреплённая массовым бытованием.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины, что подтверждает её связь с местными говорами. Встречается она нечасто, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с распространёнными церковными именами. В дореволюционных переписях Кисарины могли записываться как крестьяне или мещане, но сословной привязки у фамилии нет.

Если сравнивать с однокоренными — Кислов, Кисленко, Кисляков — Кисарин стоит особняком. У тех основа ясна: «кислый» (характер или вкус). Здесь же корень уходит в конкретное занятие. Так что предок современного Кисарина, скорее всего, был не просто угрюмым человеком, а тем, кто кормил округу солёными грибами и квашеной капустой.