Фамилия Кисарина образована от прозвища Кисара. В основе лежит турецкое слово kasara — «короткий». Скорее всего, так в старину называли человека невысокого роста. Прозвище было метким и наглядным, поэтому легко закреплялось за человеком и переходило к его потомкам в виде фамилии.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе Кисар- добавился русский патронимический суффикс -ин, который в славянской традиции указывает на принадлежность («чей?» — Кисарин сын, Кисарина дочь, Кисарины дети). Со временем форма закрепилась как фамилия.

Стоит отметить, что, хотя корень слова тюркский, сама фамилия сформировалась уже в русской языковой среде. Это типичный случай, когда прозвище, данное по внешнему признаку, перешло в фамилию, минуя крестильное имя. География фамилии Кисарина не слишком широка, но она встречается в разных регионах, что говорит о самостоятельном, а не едином центре возникновения.

Иногда фамилию связывают с тюркским прозвищем Кисар, которое могло иметь иное значение. Однако версия с «коротким» (kasara) выглядит более прямой и лингвистически обоснованной, поскольку прозвища по росту — один из самых распространённых типов в любой культуре.