Фамилия Клисаков — хороший пример того, как неочевидная на первый взгляд основа может указывать на конкретное занятие или прозвище предка. В её основе лежит прозвище Клыс или Клыса. В русских говорах, особенно южных и западных, «клыс» или «клыса» — это не только клык, но и человек с торчащими зубами, либо, в переносном смысле, злой, цепкий, «кусачий» человек. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Клыс- добавился суффикс -ак (Клысак — тот, кто имеет отношение к Клысу: сын, внук или человек с тем же прозвищем), а затем фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность роду Клысаковых.

Интересно, что написание через «и» — Клисаков — не ошибка, а результат исторической акающей фонетики. В безударном положении звук «ы» часто переходил в «и»: говорили «Клысак», а писали «Клисаков» или «Клисак». Это же явление мы видим в фамилиях Клыков/Кликов, Клычков/Кличков. Поэтому Клисаков и Клысаков — варианты одной фамилии, разошедшиеся из-за местных диалектов и того, как записывал фамилию писарь.

Модель «прозвище + -ак + -ов» не самая частая, но устойчивая. Она характерна для восточнославянских фамилий, образованных от прозвищ с яркой, часто внешней характеристикой. Сравните: Губак — Губаков, Носак — Носаков, Зубак — Зубаков. Все они указывают на заметную черту внешности, за которую человека и прозвали. Клысак (Клисак) — из того же ряда: предок явно выделялся зубами или, реже, характером.

Географически фамилия Клисаков тяготеет к югу России и Украине, где аканье и переход «ы» в «и» особенно сильны. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — прозвище Клысак могло закрепиться в одной или нескольких соседних деревнях. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами (особенно в Курской, Воронежской, Белгородской губерниях), где такие «говорящие» прозвища передавались по наследству и позже становились фамилиями.

Таким образом, Клисаков — это фамилия-прозвище, прямо указывающая на внешность или нрав предка. Она не содержит загадочных корней из других языков, а лежит в пласте народной русской ономастики, где меткое слово становилось именем рода.