Фамилия Клиса — редкий случай, когда исходное слово почти не оставляет сомнений в прозвищном происхождении. В русском языке «клиса» — диалектное название клеща или овода. В южных и западных говорах так могли называть и вообще мелкое назойливое насекомое. Прозвище Клиса, скорее всего, дали человеку с неспокойным, прилипчивым характером — тому, кто «впивался» в разговор или дело, не давал покоя. Менее вероятно, но допустимо, что прозвище относилось к внешности: маленький, юркий, «кусачий» человек.

Модель образования предельно проста. Фамилия застыла в форме чистой основы без суффикса — так называемые «неоформленные» фамилии. В русской традиции они встречаются нечасто, но устойчиво бытуют на Украине, в Белоруссии и на юге России (сравните: Шевченко, Коваль, Лысенко). Клиса — типичный пример южнорусской или украинской модели, где прозвище перешло в фамилию без изменений.

Спорных версий здесь немного. Можно вспомнить польское «klisza» — фотопластинка, негатив, но это заимствование позднее, XIX века, и вряд ли легло в основу фамилии. Литовское «klisė» — «зажим, тиски» — фонетически близко, но маловероятно для русской фамилии. Самое правдоподобное объяснение остаётся в народной диалектной лексике.

Географически фамилия Клиса тяготеет к западным и южным областям бывшей Российской империи. Встречается у украинцев, белорусов, поляков. В русских переписях она редка, что подтверждает её локальный, диалектный корень. Носители фамилии, вероятнее всего, были крестьянами или ремесленниками из тех мест, где слово «клиса» было в ходу.

В ономастических справочниках фамилия не получила развёрнутого описания, её нет в основных словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов). Это не делает её «неправильной» — просто она осталась за рамками академических списков, сохранившись в живой народной среде. По сути, Клиса — одно из тех имён, которые не прошли через канцелярскую обработку и не получили стандартного суффикса -ов или -ин.