Фамилия Клисаров — одна из тех, где внешняя прозрачность обманчива. На первый взгляд кажется, что в основе лежит имя или прозвище Клим, Климент, но суффикс -ар- вносит в эту версию серьёзные сомнения. В русской модели фамилии на -ов обычно образуются от основ на согласный: Климов — от Клим, Клисаров же предполагает основу Клисар. Это не имя, а скорее профессиональное прозвище.

Скорее всего, Клисар — это искажённое или диалектное название ремесла. В южнорусских и украинских говорах бытовало слово «клесар» или «клёсар» — слесарь, мастер по металлу. Переход «е» в «и» («клесарь» → «клисарь») — явление обычное для народной речи, особенно в условиях аканья. Тогда фамилия Клисаров означает «сын клисаря», то есть потомок слесаря. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с немецкой фамилией Klieser или польской Klisarz, которые тоже восходят к ремесленным занятиям.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным областям бывшей Российской империи. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: прозвище могло закрепиться в одной деревне или волости, где жил известный мастер-клисарь. В переписных книгах XIX века такие фамилии нередко записывали на слух, поэтому возможны варианты написания — Клесаров, Клесарёв, Клисарев.

Ономастика учит: суффикс -ар- в русских фамилиях — признак заимствованной основы, часто из польского или немецкого через украинское посредство. В данном случае это прямо указывает на профессиональный, а не на крестильный корень. Так что предки Клисаровых, скорее всего, были не боярами и не духовенством, а простыми ремесленниками — слесарями, кузнецами по мелкому металлу. Фамилия сохранила память о деле, которым кормилась семья.