Фамилия Клисова образована от мужского личного имени или прозвища Клис, и это сразу указывает на два возможных пути её происхождения. Первый и самый очевидный — связь с каноническим церковным именем Климент (в переводе с греческого «милостивый» или, по другой версии, «виноградная лоза»). От полной формы имени в народной среде возникло множество уменьшительных вариантов: Клиша, Клим, а также Клис. В таком случае фамилия означает «потомок Клиса», то есть человека, которого в быту звали сокращённо от Климента. Поскольку уменьшительные имена были характерны для простонародья, основатель рода Клисовых, скорее всего, принадлежал к крестьянскому или ремесленному сословию.

Вторая версия выводит прозвище Клис из сферы ремёсел. Здесь возможна связь с русским глаголом «клести» (или «клещить»), означающим «щемить, сжимать, тискать», или с украинским словом «клесачка» — сапожный инструмент для разглаживания швов. Если это так, то прозвище было профессиональным: Клисом могли называть плотника, работающего с зажимами, или сапожника, постоянно использующего «клесачку». Такие именования по роду занятий были широко распространены и легко закреплялись за потомками в виде фамилии.

Менее вероятная, но любопытная гипотеза связывает фамилию с географическим названием Клис — крепостью недалеко от Сплита в Далмации. Эта крепость известна тем, что её долго обороняли ускоки (славяне-беглецы от турецкого ига), совершавшие оттуда вылазки против турок. Если основатель рода действительно происходил из того региона, прозвище Клис могло указывать на место его рождения или прежнего жительства. Однако эта версия остаётся гипотетической: массового переселения балканских славян в глубь России, которое оставило бы заметный след в фамилиях, не зафиксировано.

Обратите внимание на суффикс -ов: он указывает на принадлежность («чей?») и характерен для русских фамилий, сформировавшихся в центральных и северных областях России. Окончание -а в Клисова говорит о женской форме фамилии, которая в русской традиции идёт от отца или мужа. Однозначно утверждать, какая из версий верна, нельзя — для этого потребовались бы углублённые генеалогические изыскания, включающие анализ архивных записей и географию расселения конкретной семьи.