Фамилия Клисунова — женская форма фамилии Клисунов, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдаёт вероятный регион происхождения. Суффикс -ун- в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на прозвище, образованное от глагола по модели «тот, кто делает что-то активно или чрезмерно». Сравните: говорун, скакун, ворчун. Основа «клис-» здесь — ключ к разгадке.

Самая правдоподобная версия связывает корень с диалектным глаголом «клисить» — в псковских и тверских говорах это означало «плутовать, хитрить, изворачиваться». Тогда Клисун — прозвище хитрого, ловкого человека, того, кто умеет выкрутиться из любой ситуации. В словаре Владимира Даля находим и слово «клиса» — «плут, проныра», что подтверждает эту линию. Менее вероятна, но возможна связь с «клиснуть» (ударить) или с украинским «клис» (клин), но для фамилии с суффиксом -ун- первая версия органичнее.

Фамилия редкая, её географические корни, скорее всего, лежат на северо-западе России — в бывших Псковской, Новгородской или Тверской губерниях. Именно там фиксируются говоры с глаголом «клисить». В документах XVI–XVII веков фамилия не встречается, что говорит о её позднем закреплении: вероятно, прозвище Клисун бытовало в крестьянской среде, а фамилией стало уже после отмены крепостного права, в XIX веке.

Словообразовательный нюанс: суффикс -ун- в фамилиях нередко вытеснялся более стандартным -ов- или -ев-, но здесь он сохранился, что придаёт фамилии архаичный, диалектный оттенок. По сути, Клисунова — это «жена или дочь Клисуна», то есть потомок того самого «плута» или «хитреца», причём прозвище могло быть вовсе не обидным, а характеризовать деловую сметку и умение вести хозяйство.