Фамилия Клигунова — женская форма фамилии Клигунов, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Суффикс -ин здесь маловероятен, так как основа оканчивается на твёрдый согласный. Следовательно, перед нами типичная «фамилия-притяжательное прилагательное», отвечавшая на вопрос «чей?» — то есть сын или потомок Клигуна.

Главная загадка — в основе «Клигун». Слово не фиксируется в современных словарях русского литературного языка, а значит, мы имеем дело либо с диалектным прозвищем, либо с искажением при записи. Наиболее правдоподобная версия связывает «Клигун» с глаголом «кликать» (звать, кричать). В северных и южных говорах «клигун» могли называть крикливого человека, зазывалу или того, кто громко и часто звал кого-то. Суффикс -ун в русских прозвищах активно образовывал названия лиц по действию: бегун, крикун, говорун. «Клигун» — тот, кто кличет, то есть по сути «крикун» или «зазывала». Это объяснение простое и укладывается в народную словообразовательную логику.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями, например, с «клык» (зуб) или «клик» (часть слова «кликуша»), но для этого нет убедительных исторических или географических подтверждений. Фамилия Клигунов встречается в основном в центральных и южных регионах России, что скорее указывает на русское, а не заимствованное происхождение.

В дореволюционной России фамилия не принадлежала к дворянским или купеческим — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, это говорит о том, что родоначальник получил её не по церковному календарю, а по яркой бытовой черте. Женская форма Клигунова закрепилась за женщинами, которые либо были вдовами, либо дочерьми Клигунова, либо просто носили фамилию мужа по обычаю того времени.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Клигунов стоит в одном ряду с Кликуновым и Кличуковым, но отличается от них тем, что основа «клиг» — это результат фонетического изменения (оглушение «к» перед «г» или редукция гласного). Таким образом, фамилия Клигунова — это не просто «крикливый предок», а свидетельство того, что в русских говорах когда-то бытовало слово, которое мы сегодня уже не услышим.