Фамилия Клигунов — довольно редкая, но прозрачная по происхождению. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Клигун. Оно, скорее всего, образовано от глагола «кликать» (звать, кричать) с помощью суффикса -ун, который в русском языке часто давал названия людей по характерному действию (крикун, ворчун, молчун). Таким образом, Клигун — это человек, который громко кличет, зовёт, возможно, зазывала или глашатай. В старину на ярмарках или в деревнях «кликунами» нередко называли тех, кто объявлял новости или созывал народ, — профессия вполне конкретная и заметная.

Модель образования фамилии типична для русского Северо-Запада и центральных областей: основа на твёрдый согласный (Клигун) + типичный патронимический суффикс -ов. То есть Клигунов — буквально «сын Клигуна». Встречается и параллельная форма Клигунин (от основы на -а), но она значительно реже. Стоит отметить, что в некоторых говорах слово «клигун» могло иметь и переносное, ироничное значение — «крикун» или «капризный ребёнок», но это уже более поздние наслоения.

Если обратиться к ономастическим источникам (например, к работам Б. Унбегауна и словарю В. Даля), то фамилия вписывается в круг «глагольных» прозвищ, распространённых в среде крестьян и посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно фамилия простого сословия, скорее всего, крестьянского или мещанского. Географически носители фамилии чаще всего встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, то есть в зоне древнего новгородского влияния, где «кликать» было обычным словом, а суффикс -ун очень продуктивен.

Интересно, что в писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян с прозвищем Клигунко (уменьшительная форма), что подтверждает: прозвище бытовало задолго до закрепления фамилии. Альтернативная версия — связь с диалектным «клига» (крик, шум) — маловероятна, так как слово «клига» не фиксируется в северных говорах с нужным значением. Так что версия с «кликуном» остаётся основной и наиболее правдоподобной.