Фамилия Клигуненко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. Этот суффикс в украинской ономастике указывает на происхождение по отцу или на принадлежность к роду: буквально «маленький Клигун» или «сын Клигуна». Такие фамилии массово закрепились на Левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина) в XVI–XVII веках, когда патронимическая форма стала доминирующей среди казачества и крестьянства.

Корень фамилии — «Клигун» — вызывает вопросы, и здесь возможны две версии. Первая и более правдоподобная: это прозвище от диалектного глагола «клигати» или «клигнути», который в южнорусских и украинских говорах мог означать «хромать», «ковылять». «Клигун» — хромой человек, тот, кто припадает на ногу. Вторая версия, менее обоснованная, связывает основу с личным именем Клим (Климентий), где произошло искажение звуков: Клим → Клигун. Однако для украинской среды характернее было бы образование Клименко, а не Клигуненко, поэтому версия с прозвищем по физическому признаку выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, её нет в массовых списках распространённых украинских фамилий. Географически она тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда в XIX веке переселялись украинские крестьяне. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия могла писаться как «Клигуненко» или «Клыгуненко», что отражает местные диалектные особенности произношения.

Таким образом, предки носителей фамилии Клигуненко — скорее всего, украинские казаки или крестьяне, получившие родовое прозвище по внешнему признаку или особенности походки. В отличие от фамилий на -ов/-ев, эта модель не указывает на сословную принадлежность: «енко» встречалось и у реестровых казаков, и у мещан, и у крепостных.