Фамилия Клипуненко — яркий пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс (аналог русского -ович/-евич) изначально указывал на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище стало основой. Таким образом, Клипуненко — это «сын Клипуна» или «потомок Клипуна».

Корень фамилии — «Клипун» — прозвище, которое могло возникнуть от нескольких значений. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным украинским словом «клипати» — моргать, щуриться, или «клипа» — ресница. Человек с таким прозвищем мог иметь привычку часто моргать, щуриться или обладать какими-то особенностями глаз. Менее распространённая, но возможная версия — от слова «клипа» в значении «удар, шлепок» (сравните с «клипнути» — ударить). В этом случае прозвище могло закрепиться за драчуном или человеком с резкими движениями.

Суффикс -енко однозначно указывает на украинское происхождение фамилии и её формирование в народной среде, преимущественно среди крестьянства и казачества. В XVII–XVIII веках фамилии на -енко были особенно распространены на Левобережной Украине, в Полтавской, Черниговской, Харьковской губерниях, а также в Запорожской Сечи. Именно там, в гуще казачьих и крестьянских родов, стоит искать корни Клипуненко.

В отличие от фамилий с более прозрачными корнями (Коваленко — сын кузнеца, Шевченко — сын портного), Клипуненко относится к группе фамилий, образованных от прозвищ по внешним или поведенческим признакам. Это не ремесло и не географическое название, а живая черта характера или внешности далёкого предка. Со временем прозвище утратило переносный смысл и закрепилось в качестве родового имени, которое сегодня можно встретить в Украине, России и среди украинской диаспоры.