Фамилия Клипин образована от прозвища или нецерковного имени Клипа. В русских говорах слово «клипа» имело несколько значений. В тверских и псковских диалектах «клипой» называли человека с повреждённым глазом, косого или подслеповатого — от глагола «клипать» (мигать, щуриться, моргать). В других областях «клипа» могло означать заусеницу на пальце или задир на древесине — так могли прозвать придирчивого, цепкого человека. Есть и версия, что в основе лежит диалектное «клипень» — так в некоторых местах называли кнут или плётку, и прозвище мог получить человек с резким, «хлёстким» характером.

Фамилия относится к типичной модели на -ин, указывающей на принадлежность: «чей?» — Клипин, то есть сын или потомок Клипы. Эта модель преобладала в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин образовывались от основ на -а, -я. Встречается она в основном в Поволжье и центральных регионах — например, в документах XVII–XVIII веков упоминаются крестьяне и посадские люди Клипины из Нижегородской и Костромской губерний.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Клипов, Клипкин — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами: -ов типичен для южных и восточных регионов, а -ин — для северных. Фамилия Клипин не является ни дворянской, ни купеческой — её носители в подавляющем большинстве были крестьянами или ремесленниками. В современных справочниках фамилия фиксируется как редкая, с концентрацией в Ивановской, Костромской и Нижегородской областях.

Ономастические источники (например, работы Б. Унбегауна) подтверждают, что фамилии от прозвищ, описывающих внешность или особенности поведения, — одни из древнейших в русской антропонимике. Клипин — именно такой случай: прозвище, данное в быту, закрепилось за родом и дошло до наших дней.