Фамилия Клипенко образована по распространённой в украинской и южнорусской ономастике модели: к основе прозвища Клипа добавили суффикс -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын», «потомок» или «маленький». Со временем это отчество закрепилось как наследственное родовое имя.

Что касается самого прозвища Клипа — здесь нет единого мнения, и лингвисты предлагают несколько версий, каждая из которых по-своему правдоподобна. Самая прямая связь — с глаголом «клепать», то есть «скреплять металл холодной ковкой». В этом случае Клипа — прозвище кузнеца или клепальщика, человека, который занимался ремонтом металлических изделий. Ремесленные прозвища такого типа были очень устойчивы и легко переходили в фамилии.

Другая версия отталкивается от слова «клепа» — так в некоторых говорах называли шкурку пушного зверя, особенно соболя или куницы. Если это так, то прозвище мог получить охотник или скорняк, занимавшийся пушным промыслом. Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, особенно в регионах, где был развит промысел.

Наконец, есть украинский корень «клипати» — «мигать», «моргать». Прозвище Клипа могли дать человеку с привычкой часто моргать или с каким-то заметным дефектом зрения. Такие прозвища по физическим особенностям — один из древнейших пластов русских и украинских фамилий.

Фамилия Клипенко встречается в основном на территории Украины и в южных областях России, что подтверждает её южнорусское происхождение. В документах XVIII–XIX веков носители этой фамилии чаще всего записаны как казаки, мещане или крестьяне — то есть люди, чьи прозвища не были связаны с дворянскими титулами, а отражали бытовую, ремесленную или внешнюю характеристику.