Фамилия Клипинина — яркий пример того, как редкая основа может рассказать о быте и языке предков больше, чем десятки распространённых фамилий. Она образована по самой типичной для русских фамилий модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Клипини). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Клипи́нина.

В основе фамилии лежит прозвище Клипина или Клипиня. Его корень — «клип-», который в русских говорах имел несколько значений. Самое вероятное и распространённое — «клевать» или «щипать» (ср. «клипать» — клевать, хватать клювом). В этом случае прозвище могли дать человеку с характерной манерой речи — отрывистой, «клюющей», или тому, кто, подобно птице, быстро и мелко хватал еду. Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с диалектным «клипа» (петля, зажим, скоба). Тогда прозвище могло относиться к ремесленнику — кузнецу, плотнику или портному, кто работал с такими деталями. Третья, более спорная гипотеза — происхождение от древнерусского имени Клеопа (сокращённая форма от Клеопатр), где «клип-» могло быть искажением. Однако эта версия слаба, так как имя Клеопатр было редким и церковным, а фамилия явно народная, из живой речи.

Суффикс -ин чётко указывает на географию: такие фамилии характерны для северных и центральных областей России, где активно использовалась притяжательная форма на -ин, а не на -ов/-ев. Клипинины могли быть крестьянами или посадскими людьми из-под Архангельска, Вологды, Костромы или Владимира. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается, что подтверждает её простонародное происхождение.

Интересно, что фамилия сохранила редкую основу, которая почти не дала однокоренных «родственников». В отличие от Кузнецовых или Поповых, у Клипининых нет целого «гнезда» фамилий. Это говорит о том, что прозвище было локальным, возможно, существовало в одной или двух соседних деревнях, и закрепилось только в одной линии. Сегодня фамилия остаётся малочисленной, что делает её своеобразным маркером узкого семейного круга, не растворившегося в массе.