Фамилия Клиповы образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ов, который присоединяли к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. В данном случае основой послужило личное мирское имя Клип. Такие имена, не связанные с христианскими святцами, давали на Руси для защиты от злых сил или по народной традиции — по внешним признакам, поведению или среде обитания человека.

Имя Клип, скорее всего, восходит к диалектному слову «клип» — так во владимирских говорах называли чайку. Прозвище могли дать человеку с лёгким, «птичьим» нравом, подвижному или тому, кто жил у воды. Не исключено, что в других местностях у слова было иное значение, но именно владимирский корень зафиксирован в диалектных словарях. Менее вероятна связь с современным заимствованием «клип» (от англ. clip) — эта лексика вошла в русский язык слишком поздно, когда фамилии уже давно сложились.

Фамилия Клипов — не единичная, но и не массовая. Её однокоренные варианты (Клипкин, Клипков) встречаются редко, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища. Сословная принадлежность носителей могла быть любой: прозвища давали и крестьянам, и горожанам, и служилым людям. Точная география и время первого упоминания фамилии Клипов не установлены, но по модели образования и диалектной основе её можно отнести к числу древнерусских мирских фамилий, возникших не позднее XVI–XVII веков.